Lễ rửa tội của Napoléon diễn ra ở Ajaccio ngày 21 tháng Bảy 1771; ông được nuôi dưỡng trong một gia đình ngoan đạo và nhận một nền giáo dục Công giáo. Tuy nhiên, các thầy giáo của ông đã thất bại trong việc đem lại niềm tin tôn giáo cho ông khi còn nhỏ[175]. Khi trưởng thành, Napoléon được miêu tả như một người "hữu thần với niềm tin và sự tôn kính không tự nguyện với Công giáo"[176]. Ông chưa bao giờ tin vào một vị Chúa hiện hữu; thượng đế với ông là một vị Chúa vắng mặt và xa xôi[175] nhưng ông thừa nhận một cách thực dụng rằng những tôn giáo có tổ chức là yếu tố then chốt của trật tự xã hội[175] và đặc biệt là Giáo hội Công giáo Rôma, mà theo ông, có "những nghi lễ tráng lệ và luân lý cao cả hơn là các đạo luật có ảnh hưởng lên trí tưởng tượng của dân chúng tốt hơn những tôn giáo khác"[175].

Napoléon có một hôn lễ dân sự với Joséphine de Beauharnais mà không cử hành nghi lễ tôn giáo nào, vào ngày 9 tháng Ba 1796. Trong chiến dịch Ai Cập, ông thể hiện nhiều sự khoan dung đối với tôn giáo hơn so với bất kì một vị tướng cách mạng nào khác, và thảo luận với các học giả Hồi giáo và cho phép các buổi lễ tôn giáo, nhưng tướng Dupuy, người tham gia chiến dịch cùng ông, về sau tiết lộ sau cái chết của Giáo hoàng Piô VI, về những lý do chính trị cho cách đối xử như vậy: "Chúng ta đang lừa gạt những người Ai Cập với mối quan tâm giả vờ của chúng ta đối với tôn giáo của họ; chẳng phải Bonaparte lẫn chúng ta tin vào tôn giáo này hơn chúng ta đã từng tin vào tôn giáo của ngài Piô quá cố"[chú thích 12]. Trong hồi ký của mình, thư ký của Bonaparte là Bourienne viết về mối quan tâm tôn giáo của Bonaparte theo những lời lẽ tương tự[178].

Chủ nghĩa cơ hội về tôn giáo của ông được tóm tắt trong câu nói nổi tiếng của chính ông: "Chính bằng việc làm cho mình thành người Cơ đốc giáo ta đã đem hòa bình cho Bretagne và Vendée. Chính bằng việc làm cho mình thành người Ý ta đã chinh phục tinh thần ở Ý. Chính bằng việc làm cho mình thành một người Hồi giáo ta đã thiết lập quyền lực ở Ai Cập. Nếu ta cai trị một quốc gia Do Thái, ta hẳn nên cho xây lại Đền Solomon"[179].

Napoléon đã tự đội vương miện cho mình làm Hoàng đế Napoléon I vào ngày 2 tháng 12 năm 1804 ở Nhà thờ Đức Bà Paris với sự ban phúc của Giáo hoàng Piô VII. Ngày 1 tháng 4 năm 1810, Napoléon kết hôn theo giáo lễ với công chúa nước Áo Marie Louise. Trong một cuộc thảo luận riêng tư với tướng Gourgaud khi đang lưu đày ở St. Helena, Napoléon bộc lộ các quan điểm duy vật về nguồn gốc con người[chú thích 13] và nghi ngờ tính thần thánh của Giê-su, khẳng định rằng thật là ngu xuẩn để tin rằng Sokrates, Platon, Muhammad và Anh giáo cần bị nguyền rủa vì không thuộc Giáo hội Công giáo Rôma[chú thích 14]. Tuy nhiên, Napoléon vẫn nhận xức dầu bởi một linh mục khi sắp từ trần[182].

Giáo ước

Tìm kiếm một sự hòa giải dân tộc giữa những người Cách mạng và những người Công giáo, Giáo ước 1801 được ký vào ngày 15 tháng 7 năm 1801 giữa Napoléon và Giáo hoàng Piô VII. Nó củng cố vai trò của Giáo hội Công giáo Rôma như giáo hội đa số của Pháp và mang trở lại hầu hết vị thế thế tục của nó.

Trong Cách mạng Pháp, Quốc hội Pháp đã đoạt lấy các tài sản của Giáo hội và ban bố Luật Tổ chức dân sự của Tăng lữ, biến Giáo hội thành một bộ phận của Nhà nước, tách nó khỏi quyền lực của Giáo hoàng. Điều này gây nên sự thù địch của những người vùng Vendée đối với sự thay đổi trong mối quan hệ giữa Giáo hội Công giáo và chính phủ Pháp. Các đạo luật sau đó hủy bỏ lịch Gregorius truyền thống và các ngày lễ Công giáo.

Trong khi Giáo ước phục hồi một số liên hệ với Giáo hoàng, nó chủ yếu có lợi cho chính quyền; cán cân mối quan hệ nhà nước-nhà thờ nghiêng hẳn theo hướng có lợi cho Napoléon. Giờ đây, Napoléon có thể thu được lợi ích của giới Công giáo trong nước Pháp đồng thời kiểm soát Roma về mặt chính trị. Napoléon từng nói với người em Lucien vào tháng 4 năm 1801, "Những nhà chinh phục khéo léo không bị vướng víu bởi những thầy tu. Họ có thể vừa kiềm chế chúng vừa sử dụng chúng[183]". Như một phần của Giáo ước, ông giới thiệu một bộ luật song song mang tên Những Điều khoản Cơ bản.

Giải phóng tôn giáo

Napoléon đã giải phóng những người Do Thái, cũng như những người Tin Lành ở các quốc gia Công giáo và những người Công giáo trong các quốc gia Tin Lành, khỏi các đạo luật hạn chế họ trong các khu biệt lập, và ông đã mở rộng quyền của họ đối với tài sản, tín ngưỡng và nghề nghiệp. Bất chấp phản ứng bài Do Thái đối với các chính sách của Napoléon từ các chính phủ nước ngoài và một bộ phận dư luận bên trong nước Pháp, ông tin rằng sự giải phóng đó sẽ làm lợi cho Pháp nhờ việc thu hút người Do Thái tới đất nước mình nơi không có những hạn chế như những nơi khác[184].

Ông từng tuyên bố: "Tôi sẽ không bao giờ chấp nhận một đề xuất nào bắt buộc dân tộc Do Thái phải rời Pháp, bởi đối với tôi người Do Thái giống như bất kì công dân nào khác trên đất nước chúng ta. Đẩy người Do Thái khỏi đất nước sẽ làm suy yếu, nhưng đồng hóa họ sẽ làm tăng thêm sức mạnh cho đất nước[185]". Ông được người Do Thái mến mộ tới mức Giáo hội Chính thống Nga kết tội ông là "kẻ chống lại Giê-su và kẻ thù của Chúa Trời"[186].